EL 20 DE MARZO DE 1976 con unos compatriotas se dirige a la Mina Hualilan, para ver unos relaves de Oro, volviendo a San Juan el 24 de Marzo de 1976, al llegar son informados que se había producido el golpe de estado en Argentina por un amigo de nombre Santiago Argentino Carpio, que era dueño de la casa donde vivía con su familia, también le dijo que la noche del 23 de marzo había sido allanado su domicilio y que su cuñado Julio Meneses Ibaceta y Sergio Sanchez Vergara los habían golpeado salvajemente militares del RIM 22. El dice que a causa de este hecho el decide pasar a la clandestinidad con el único propósito de no cae en mano de los represores. Fue  así que, a través de compañeros tomo contacto con la familia para saber cómo se encontraban ellos y para que supieran que el estaba bien. Cuenta que en esos días posteriores al golpe se encuentra con el compañero Aldo Moran, quien había pasado a la clandestinidad por la terrible persecución de que era víctima. Fua así que se refugiaron en una finca ubicada para el lado de Pocito, donde vivía un compañero chileno de apellido González . Allí estuvieron, junto con Aldo Moran, alrededor de una semana. Luego decidieron salir de allí ya que los compañeros le habían hecho un contacto con el Pastor evangélico Samuel Ponce, de la Iglesia Evangélica Metodista, ubicada en la avenida Alem, quien los alojo en el subsuelo de la Iglesia. Relata que una semana después, a finales de abril aproximadamente, el mismo Pastor Ponce lo traslado, a él solo, en tren hasta Mendoza, disfrazado con un paletó y sombrero, como un campesino. Fue el mismo Pastor Ponce quien lo dejó instalado en el Refugio de Caritas que estaba ubicado en la calle Martínez de Rosas 863 de Mendoza. Recuerda que en ese refugio había 13 hombres y varias mujeres, no recordando la cantidad de ellas. La que cocinaba era una compañera chilena de apellido Molina. Todas las personas refugiadas eran de nacionalidad chilena, boliviana y peruana. Estando en el refugio los primeros días de junio de 1.976, llega una patrulla de la policía de la Comisaría 5ta., manifestándole al padre que estaba a cargo del refugio, de nombre Rafael, que en los tarros de basura habían colocado una bomba, y por ello, le solicitaban, al cura, que los dejara ingresar para revisar donde estaban los desperdicios y ver si efectivamente había un explosivo colocado allí. Según manifestaron las mujeres que estaban con el Padre Rafael, éste, les habría dicho que era imposible que hubiera una bomba en los tachos de basura, pero ante la insistencia del policía el Padre Rafael habría autorizado al Comisario para que entrara a verificar si era verdad la denuncia que había recibido. Fue en ese momento que el padre Rafael abre la puerta y los policías que venían atrás del Comisario lo golpean al Padre Rafael en la Cara y le quiebran la clavícula del lado derecho, cayendo al suelo saliéndole mucha sangre. El y el resto de los hombre que estaban durmiendo en unas cuchetas al sentir los gritos van a ver que pasaba. Dice que antes de esto había salido un muchacho de nacionalidad francesa que había sido guardaespaldas de Charles De Gaulle, y que era Karateca, quien al ver al Padre Rafael Sangrando comenzó a golpea a los policías, Cuando salió Mario ya habían tres policías en el suelo golpeados por el francés. A consecuencia de los golpes del francés los policías se van, pero a la media hora regresan, rodeando el edificio con ametralladoras y autos brindados. Como consecuencia de estar el refugio rodeado los obligan a salir a la calle, con las manos en la nuca. Luego, los conducen caminando, por el medio de la calle, con las manos en la nuca, hasta la comisaria 5ta donde fueron interrogados y torturados con golpes de la culata de fusiles, les dieron patadas, trompadas. Dice que alrededor de las 17 hs. , el comisario de la 5ta se dirigió al patio donde estaban detenidos, los contó, los miró, y luego lo sacó a él y lo condujo a su oficina.
Una vez allí le pregunto “que es lo que era él” y él le respondió “soy hombre” y le pregunto por segunda vez lo mismo y él le volvió a responde “soy hombre”. La tercera vez el Comisario le dijo ”yo te pregunto hijo de puta que sos vos políticamente” a lo que respondió “cómo no soy tonto ni tarado, ni retardado mental, soy socialista. Y que no era fácil ser socialista porque solo lo podían ser las personas inteligentes”. En ese momento entró a la Comisaría el Comandante en Jefe de la Zona en Estado de Emergencia de las provincias cuyanas, una persona de baja estatura y morena. Dice que este jefe a su vez era el suegro de un compañero suyo chileno, de nombre RODRIGO POLANCO, quien era pareja de la única hija del comandante en Jefe. Este Comandante en Jefe le dice al Comisario “que cagada te has mandado, es como para ascenderte y darte un premio, sacaste a esta gente de la casa del arzobispado de Mendoza, donde funciona Caritas y está habilitado como refugio de las Naciones Unidas, encima trajiste a la gente detenida por la mitad de la calle para que todo el mundo se diera cuenta, así que inmediatamente te vas de acá, no te quiero ver más” y lo echó, que dando otro policía a cargo de la comisaría. Cuenta que después de este episodio los liberan a todos menos a él, que lo llevaron al Palacio Policial, para tomarles las huellas digitales. Dice que una vez allí lo subieron al segundo piso, a un lugar donde habían ventanas pequeñas, de vidrio grueso. Dice que lo meten en una especie de calabozo, donde le atan las manos atrás, en la espalda, le ponen una capucha negra, le hacen primero bajar una escaleras, y el  cree que finalmente lo ponen en una especie de subsuelo, donde escucha la vos de otras personas que también estaban detenidas ahí.  Manifiesta que fue en ese momento cuando comenzaron a torturarlo salvajemente, lo quebraron, le atravesaron el pie con una bayoneta, le tajearon con los golpes toda la cabeza (mostrando en este acto las marcas que aún le quedan). Recuerda que allí estaban detenidas unas mujeres que decían ser de la Universidad, que no recuerda los nombres. Que a esas mujeres las violaron, que él escuchaba los gritos. Dice que los policías llevaban perros policías y que él sentía los ladridos y los gritos de las mujeres, que él cree que con los perros las violaban. Manifiesta que estuvo detenido 54 días en total. Que lo sabe porque cuando él sale en libertad, cuando lo entregan al Alto Jefe de las Naciones Unidas, un compañero que había estado detenido con él en la comisaría 5ta. Le manifestó estando en el refugio en Buenos Aires, que desde la fecha en que ellos no lo habían visto más, luego de aquel episodio en la Comisaría 5ta, hasta ese momento, habían pasado 54 días. Relata que ocho días antes de que lo liberen, la gente que lo custodiaba en el palacio policial, le comentaba, que lo iban a dejar en libertad, pero que no fuera hablar ml de ellos, que ellos no eran los que le habían pegado, que habían sido otras personas, que habían venido de afuera. Dice que a partir de ese momento le empezaron a dar de comer, le comenzaron a sacar las esposas de noche  le daban un colchón para dormir, no en el suelo tirado en el cemento cómo dormía antes. Que también le permitieron que se bañara a oscuras. Recuerda que los estudiantes que estaban allí, le conversaban, ya que no los podía ver por la capucha, que ellos eran de la Universidad Nacional de Cuyo, que eran catorce en total, seis hombres y ocho mujeres, y que muchos de ellos eran de la Facultad de Medicina. Dice que cómo estas personas también habían escuchado que a él lo iban a liberar,  le pedían, que por favor cuando saliera denunciara lo que estaba pasando allí, lo que le estaban haciendo. Manifiesta que a causa de su desaparición se había desarrollado una campaña mundial de los sindicatos más poderosos del mundo, como la CGT francesa, La unión Inglesa, Sindicatos de Alemania y EEUU. Tenía como objetivo encontrarlo a él y que la dictadura reconociera que lo tenia detenido, ya que constantemente las autoridades militares lo negaban. Dice que gracias a esa campaña, el día dos de agosto de 1976, lo conducen al aeropuerto del plumerillo, donde le sacan la capucha por primera vez. Que era cerca del medio día. Dice que le costo mucho volver a la realidad y darse cuenta en donde estaba. Que cuando se dio cuenta que estaba en la puerta de la sala espera del aeropuerto, grito “soy Mario Muñoz Salas, dirigente minero chileno, partidario del gobierno de Salvador Allende, que fuera derrocado en 1973, por los hermanos criminales que hoy día dieron el golpe de Estado contra el Gobierno Argentino, me han golpeado, pegado, torturado”. Que al escuchar esto la gente que estaba allí, en el aeropuerto, reacciona contra los militares que lo traían a él, quienes ante los golpes se retiraron. Manifiesta que luego de esto, al rato, llegaron unos muchachos jóvenes que le dijeron que los habían mandado a sacarles las esposas, y que ellos no tenían nada que ver. Luego se le acercó a él un señor alto de un metro noventa y le pregunto si él era Mario Muñoz, presentándose como George Culishert, Jefe del Alto Comisionado de las Naciones Unidas para las provincias ibéricas y Oceanía y que venía mandado por las Naciones Unidas a buscarlo. Mario le dice que no lo conocía, y que no sabía quién era él.
Entonces Culishert se acercó a la oficina de venta de pasajes y le pidió a la agente de viajes que por favor le viniera a explicar quien era él y le leyera los documentos donde  constaba que venía de las Naciones Unidas y que portaba un documento donde constaba que él venía por las Naciones Unidas a trasladarlo a Buenos Aires. Cuenta que luego de esto él se convenció de que ese señor era efectivamente un funcionario de la ONU, y que tenía la responsabilidad de sacarlo lo más rápido posible a Europa. Relata que fue así alrededor de las 16 hs de ese mismo día, 2 de agosto de 1976 tomaron un vuelo directo a Buenos Aires, ya en esa ciudad lo trasladan a un refugio de las Naciones Unidas, el cual era custodiado por la policía federal Argentina. Allí Culishert le informó que  el día 4 de agosto saldrían en un vuelo a Austria, con escala en Bélgica. El día tres de agosto le pide a su compañero Luis Tapia que estaba en el refugio que le compre el diario la Nación y La Opinión de Timerman. Que el titulo del diario La Nación decía que “catorce extremistas habían sido abatidos cuando trataban de tomar los arsenales de Campo de Mayo” que esto lo recuerda porque muchos de los nombres que figuraban de los supuestos extremistas eran personas que habían estado detenidas con én en el palacio policial de Mendoza.
Al llegar a Austria, dio una conferencia de prensa en el salón del aeropuerto a unos trecientos periodistas que estaban esperando su arribo. Dice que la primera pregunta fue como había sido su salida de Chile, ya que tenían antecedentes que el había pasado por un paso clandestino y le pedían que les contara cuantas veces se tuvo que enfrentar a fieras y animales peligrosos. Mario le contesto que el había salido de Chile en 1973 y que en ese momento el venia saliendo de la crcel de los centros clandestino de represión en Argentina y les manifestó que sí Chile tenia un Estadio Nacional a donde se llevaba a los compañeros presos en Argentina había 20 Estados nacionales parecidos a los de Chile. Que en esa conferencia hablo dos horas denunciando a la dictadura argentina encabezada por Videla Masera y Agosti y la represión sangrienta que se batía en contra el pueblo Argentino. Estuvo exiliado en Francia desde el año 1976 a 1986, siendo el Vicepresidente del comité de Solidaridad que presidía Danielle Mitterand.
En Francia esta internado dos meses en el Hospital El Gran Sablom en la ciudad de Grenoble, donde orinaba sangre todo el tempo, producto de los golpes y heridas recibidos en Mendoza.
En 1986 vuelve a Argentina, a Chile tenía prohibido entrar.