Día a día, cuando se buscan caminos para la construcción de un proceso de paz, continúan los hostigamientos, amenazas y masacres realizadas por los paramilitares contra la población civil. Las Autodefensas, organizadas a nivel estatal y fortalecidas e incrementadas, al amparo de la impunidad, durante el gobierno de Samper, se oponen abiertamente al diálogo. En unas recientes declaraciones a la prensa, Carlos Castaño, jefe paramilitar, señalaba como objetivo inmediato "derrotar" a la guerrilla y negaba la validez del Acuerdo del Nudo de Paramillo sobre humanización del conflicto. Alberto Cruz, doctor en Relaciones Internacionales y periodista, invitado por el Cosal a Asturias, analizaba el accionar paramilitar en Colombia y su relación con el Ejército: "Las organizaciones paramilitares han sido fomentadas básicamente por los terratenientes y por los narcotraficantes y han estado protegidas y avaladas por el ejército y por el gobierno. Ya no actúa cada grupo por su cuenta, están estructuradas jerárquica y orgánicamente en el Movimiento Nacional de Autodefensas de Colombia". Su objetivo es acabar con el apoyo de masas al movimiento guerrillero, implantar el terror, acabar con los dirigentes de izquierda y populares. Han lanzado llamamientos a prohibir protestas en sus zonas de influencia, bajo amenazas de muerte, apoyando despidos masivos y evitando el trabajo sindical en las zonas: "Se trata de un plan sistemático de control de áreas que consolide el control oligárquico o limite la acción de la guerrilla. Para ello se ha previsto el desalojo completo de grandes regiones del país" "Los paramilitares son pieza clave de la ofensiva contrainsurgente actual. Se enmarcan dentro de la concepción yanqui de seguridad nacional y deben entenderse como una fuerza del terrorismo de Estado y la herramienta preferida para la guerra sucia. En este momento, habría una división del trabajo, el ejército realizaría una guerra limpia y caballeresca y los paramilitares se encargarían de la guerra sucia". "Los militares son el único poder real en Colombia y tienen en sus manos al poder político. En este momento, plantean una guerra a medio-largo plazo para derrotar militarmente a la guerrilla". "Al mismo tiempo el ejército propone una serie de reformas constitucionales que amplíen el poder militar y den una mayor legitimidad jurídica a los paramilitares, al propiciar la organización de una -eufemísticamente llamada- milicia nacional".Esta vinculación entre el ejército y policía y los paramilitares, que ha sido denunciada por numerosas organizaciones de Derechos Humanos, nacionales e internacionales, se desprende también de la investigación de las masacres que ha puesto en evidencia la participación del ejército (entrenamiento, participación directa de militares, uso de instalaciones, consentimiento...).Sin embargo, negando esta realidad, se ha utilizado la estrategia de presentar el problema de la violencia en Colombia como resultado de una guerra entre paramilitares y guerrilla, lo que ha llevado a que algunas voces propongar sentar a ambos en la misma mesa de diálogo; propuesta que la guerrilla rechaza tajantemente. Tanto para las FARC como para el ELN, el desmantelamiento del paramilitarismo es uno de los puntos clave para avanzar hacia la paz y no un sujeto en la negociación. El comandante Nicolás Rodríguez, responsable político del ELN se ratificaba al respecto: "nunca nos reuniremos con los paramilitares. Para nosotros es claro que éstos son el fruto de una política estatal en Colombia. En ese sentido, los representantes del Estado que los crearon tienen la obligación de sentarse con ellos y ponerles orden".La existencia del paramilitarismo y sus vínculos con el ejército, el Estado, los grupos económicos nacionales y multinacionales y su consolidación e incremento durante el gobierno de Samper, dotándose incluso de cierta legitimidad jurídica, suponen uno de los más serios obstáculos para la paz.