El fet que la Universitat siga l’últim esglaó formatiu i incorpore al seu si a membres de la classe dominant dóna lloc a l’interés per utilitzar les seues instal·lacions com a centres d’adoctrinament pels diferents poders públics. Així, al llarg del temps, les diferents esglésies o bé han tractat i aconseguit limitar la seua activitat als estudis de Teologia o bé han procurat la coherència entre allò que s’imparteix a les universitats amb la cosmologia religiosa corresponent. Per la seua banda, els poders polítics les han tolerades en la mesura en què aquestes no les qüestionaven, alhora que aportaven els funcionaris i tècnics necessaris per al manteniment de les estructures econòmiques i de poder.
En aquest context, l’evolució de la ciència i la tecnologia han produït una situació contradictòria des de fa, si més no, un parell de segles. Per una banda, als poders fàctics els interessa el progrés científic, sobretot en la mesura en què aquest es puga traduir en avanços tecnològics que donen rèdits econòmics o militars, i, des d’aquest punt de vista, han de donar suport a un tipus d’universitat que facilite una formació adient per a aquesta finalitat. Per altra banda, el progrés científic i tecnològic s’aconsegueix fent ús d’una metodologia de treball basada en la capacitat d’observació i d’anàlisi que tant sols és possible amb una formació lliure de l’adoctrinament dogmàtic i de la submissió. Com a conseqüència, els poders no es poden permetre el luxe de introduir límits a la formació dins de l’àmbit universitari, constrenyent la capacitat d’estudi o d’anàlisi del professorat o de l’alumnat, ja que el resultat seria un retard tecnològic amb un cost econòmic massa gran. Llavors, no és estrany que moltes de les respostes socials en oposició als poders establerts al llarg del segle XX hagen eixit dels àmbits universitaris.
Si les universitats, en paraules de Thomas Mann (1941), se n’encarreguen de fomentar “el sentit de la dignitat humana i de la llibertat; formen homes [sic] que poden arribar a ser els conductors de la seua nació contra els seus opressors”, aquells sistemes polítics i econòmics que rebutgen “l’home [i la dona] lliure”, com són el nazisme i el capitalisme (neoliberalisme), ho tenen molt difícil per conjugar el sistema universitari amb el seu model de societat. Però, mentre els nazis tancaven les universitats dels països ocupats, el capitalisme, sota l’experiència de segles de dominació, ha optat per promoure un canvi en els valors, dins de l’àmbit universitari que, sense posar en perill l’esperit crític necessari per assegurar el progrés tecnològic, el relega al desenvolupament professional i al laboratori: és a dir, promou l’alienació de tot allò que suposa crítica social, econòmica o política.
La Universitat és una institució dirigida i conformada per persones que participen de la societat i, per tant, hi participen en gran mesura de la ideologia basada en el “pensament únic” promoguda des del neoliberalisme. Llavors, conceptes com són la llibertat, la justícia i els dret humans són contemplats per un sector important del personal universitari des d’aquesta perspectiva que tracta d’antisistema, de freekys o de radicals a tots aquells que mantenen posicions oposades. Així, considerada en la seua globalitat, la Universitat ha anat passant de plantejaments crítics a conformistes, relativitzant aspectes que, fins fa poc, es consideraven fonamentals. Però, una vegada relegat el sentit crític al laboratori, els valors basats en les idees són febles i canviants, i estan subjectes a les modes de cada moment: així, per exemple, el crit de “No a la guerra” aznarista (o felipista, en el cas de Iugoslàvia), s’ha transformat en el silenci més absolut davant les guerres Zapateristes. És necessari combinar la ideologia amb les pautes de comportament o l’interés personal perquè el canvi en valors esdevinga inalterable. I això s’està aconseguint introduint els valors empresarials (capitalistes) dins de l’àmbit universitari, aprofitant el relativisme imperant sota la idea que tot s’hi val.
Amb la possibilitat legal de privatitzar els resultats de la investigació i del coneixement, s’obri l’oportunitat de fer negoci des de la Universitat i sense que calga eixir-ne. Llavors, un sector important del personal universitari, que fins ara entenia la ciència com una activitat altruista i fonamentalment cooperativa, està canviant els seus principis acadèmics per altres de tall comercial. Així mateix, la pressió exercida des del govern central i autonòmic amb un finançament insuficient (ara per ara, estrenyent sense ofegar del tot) afavoreix que des de les direccions de les universitats vegen raonable l’obtenció de recursos per la via de la privatització del coneixement i donen suport, per tant, a les polítiques neoliberals en aquest sentit. Tot plegat, està transformant la Universitat de manera quasi irreversible tant pel que fa a les seues funcions com a institució, com pel que fa al conjunt de valors i al sentit ètic dels universitaris.
Cal recuperar el paper de la Universitat en el context social, com a forjadora de persones lliures, i dotar al personal universitari d’un codi ètic que cree les condicions necessàries per tal impossibilitar la supeditació de la seua activitat pública a l’interés personal, de la seua família o dels seus amics, o perquè s’evite que adquiresquen compromisos amb altres entitats públiques o privades que puguen afectar la seua activitat dins de la Universitat. Cal recuperar de ple l’ètica i els valors acadèmics, recuperant així l’anàlisi crítica a l’àmbit universitari i eliminant-ne, doncs, els valors empresarials.