Un informe de WWF-Adena sobre el análisis de 69 ríos europeos confirma lo que se temía: el Segura encabeza la lista de ríos por contaminación y falta de agua. El estudio de la asociación ecologista, el primero realizado a nivel europeo, concluye que «la principal presión sobre el sistema del río procede del sector agrario (pesticidas y riego) y del ineficiente tratamiento del agua usada». El Segura sólo arroja al mar el 4% de su caudal. Adena le suspende en todas las asignaturas: mínima cantidad de agua por tener la máxima presión agrícola e industrial y «serios problemas» de calidad «por la polución, los pesticidas, los vertidos y los fertilizantes». Sólo el Rhin (en Suiza) está al mismo nivel, mientras ríos españoles como el Duero se encuentran entre los más sanos.

El estudio de WWF-Adena, el Índice de Agua y Zonas Húmedas (WWI en sus siglas inglesas), culpa claramente a la agricultura de buena parte de la situación de los ríos españoles. Entre ellos, destaca con textos e imágenes al Segura como el más seco y contaminado de España. Los análisis del estudio comenzaron en agosto de 1999 y finalizaron en diciembre del 2000.

El WWI comienza preguntándose si los países hacen lo suficiente por salvaguardar sus recursos hídricos, para responder que 50 de los 69 ríos analizados son ecológicamente pobres por la calidad de sus aguas. Junto al texto, una fotografía del río Segura para indicar que «aproximadamente la mitad de los países europeos tienen severamente fragmentados sus ríos. 37 de 55 ríos estudiados están fuertemente afectados por la fragmentación de su principal cuenca», en referencia a las presas, compuertas, embalses y acequias.

En referencia al Segura, el informe señala que «los caudales bajos son un problema común en los ríos del sur europeo. Por ejemplo, la elevada sequía del río Segura, donde sólo el 4% del agua del río llega al mar. El resto es usado para regar o almacenarlo en embalses. Los impactos de la polución se hacen más pesados cuando hay caudales bajos debido a que reducen la disolución. Los hábitat empiezan entonces a secarse y degradarse. Estas presiones pueden empezar a incrementar«. De manera más genérica, el informe considera que «los recursos hídricos y la calidad del agua en Europa está afectada principalmente por la actividad de tres sectores: la agricultura, la industria y el abastecimiento doméstico. Incluso hemos incluido un cuarto sector en el análisis, el turismo, a pesar de que tiene menor importancia». El 68% del agua de los ríos en España se usan para el regadío mientras el incremento en la polución hídrica proviene tanto de la agricultura (fertilizantes y pesticidas) como de los vertidos industriales.

El WWI incluye al Segura entre los ríos con «impacto severo» en su flora, fauna y en sus hábitats. Desde este punto de vista, los ríos de mejor calidad ecológica de los analizados se encuentran en Escocia, Gales e Inglaterra y los que peor, en España y Suiza.

Las presas y embalses de los cauces también son valorados por este estudio, que considera que cualquier obstáculo que impida el libre flujo del agua termina perjudicando su ecosistema. Una vez más, el río Segura aparece entre los más perjudicados por su elevada fragmentación en este sentido.