Aproximadamente a las ocho de la mañana del 13 de octubre de 1996, Josué Giraldo se encontraba jugando con sus dos hijas, de tres y cinco años respectivamente, delante de su casa en Villavicencio, Meta, cuando un pistolero sin identificar se le acercó y comenzó a disparar. Josué echó a correr, pero resultó herido y cayó al suelo. Seguidamente, el pistolero le remató de varios disparos y huyó en una motocicleta que conducía un cómplice.

Antes de ser asesinado en octubre de 1996, el doctor Josué Giraldo Cardona, presidente del Comité Cívico por los Derechos Humanos de Meta, había formulado varias denuncias en relación con las amenazas contra su integridad física que había recibido. Se había visto obligado a trasladarse en varias ocasiones para preservar su vida y había pasado varias temporadas fuera de Colombia a causa de las persistentes amenazas. Sin embargo, a pesar de las peticiones que la Corte Interamericana de Derechos Humanos dirigió al gobierno colombiano para que tomara medidas especiales para garantizar su seguridad, las autoridades no investigaron las muertes de los tres presidentes precedentes del Comité, ni las amenazas dirigidas contra el doctor Josué Giraldo Cardona, ni le proporcionaron una protección eficaz.